לאחר ניתוח מעקף, יכולים להתרחש חסרונות תזונתיים משום שהגוף מקבל פחות תזונה מהמזון שאנו אוכלים. חלק מהחסרונות התזונתיים השכיחים כוללים חוסר בוויטמינים כמו ויטמין B12, חומצה פולית, ויטמין D וסידן. כמו כן, יכול להתרחש חוסר בחלבונים. על מנת למנוע את החסרונות התזונתיים הללו, נדרשת תזונה מאוזנת ותוספות תזונה מתאימות.