ניתוח מעקף בקיבה הוא ניתוח מורכב ויש בו סיכונים כירורגיים. הסיכונים כוללים זיהום, דימום, קריסת הרצועה, תגובות שליליות לתרופות והתפרצות של התפרים. יתכן ויהיו גם סיבוכים לאחר הניתוח כולל חומציות גבוהה בקיבה, דלקת בקיבה, בעיות בקילוף, ומחלות נוספות שיכולות להתפתח מהניתוח. משמעות הדבר היא שחשוב להעריך את הסיכונים האלו לפני הניתוח.