הכלים והציוד הכירורגיים המשמשים במהלך ניתוח מעקף קיבה כוללים סקלפל, מספריים כירורגיים, רצועות בטניות, מחטים וחוטים, אנדוסקופ להצגת תמונה מהקיבה, טרוקארים להכנסת האנדוסקופ והכלים לתוך הקיבה, ואביזרים מיוחדים לריסוס חומרים כימיים ולהזרמת חומרים. כמו כן, משמשים ציוד למעקה ולחסימה של חלק מהקיבה.