הכנה לניתוח מעקף בקיבה דורשת מספר שלבים. תחילה, יידרש המטופל לעבור בדיקות רפואיות לוודא שהוא מתאים לניתוח. זה יכול לכלול בדיקות דם, בדיקות לב, בדיקת ראייה, ועוד. בנוסף, המטופל יידרש לעבור דיאטה מיוחדת למשך שבועות עד חודשים לפני הניתוח, כדי להפחית את הסיכון לקומפליקציות. בדרך כלל, הדיאטה תכלול שינויים בתזונה ותרגול גופני. לפני ימים ספורים מהניתוח, המטופל יידרש להפסיק לקחת תרופות מסוימות ולהיות בתזונה נוזלית בלבד. ביום הניתוח עצמו, המטופל יידרש להגיע לבית החולים בטניה ריקה.