תוצאות ארוכות טווח מניתוח מעקף בקיבה יכולות לכלול שיפור בבריאות, כולל שיפור בסוכרת מסוף 2 ולחץ דם. עם זאת, הניתוח גם מגיע עם סיכונים ואתגרים פוטנציאליים, כולל תופעות לוואי כמו הפרעות בקילוף והתמכרות לאלכוהול. נדרש מעקב רפואי ארוך טווח לאחר הניתוח לוודא שהאדם מתמודד כהלכה עם שינוי האורח חיים ולא מתמודד עם תופעות לוואי קשות.