הניתוח מעקף בקיבה הוא ניתוח גסטרואנטרולוגי מורכב שמטרתו לסייע לאנשים להפחית משקלם. כמו כל ניתוח, גם ניתוח מעקף בקיבה מכיל סיכונים מסוימים. התופעות לוואי עשויות לכלול זיהום, דימום, נפיחות, תגובת רעלה לתרופות, דליפה מהמקום שבו הקיבה מחוברת לקיבה הדקה, תסמיני תזונה תת-אופטימליים ובעיות נשימה. זמן ההתאוששות וההתמודדות עם התופעות לוואי יכולים להשתנות מאדם לאדם.