ההתאוששות מניתוח מעקף בקיבה יכולה לקחת זמן. לאחר הניתוח, על המטופל להימנע מאוכל מלא ולהתחיל בשתייה של שתייה תזונתית מיוחדת. לאחר מכן, הוא יתחיל לאכול רק אוכלים רכים, ואז להכניס אוכלים מלאים לאורח חיים שלו. זה יכול לקחת מספר שבועות. יתכנו תופעות לוואי לאחר הניתוח כמו חולשה, עייפות, נזלת, וכו'. המטופל יצטרך לעבור תהליכי ריפוי והתאוששות במשך תקופה של כמה שבועות ואף חודשים.