טכניקות החיתוך בניתוח מעקף בקיבה משתנות בהתאם לסוג הניתוח, למצב הפיזי של המטופל ולניסיון הרופא. כמה מהטכניקות הנפוצות הן חיתוך פתוח, בו הרופא מבצע חריצה גדולה בבטן, וחיתוך לפרוסקופי, בו הרופא משתמש במצלמה קטנה וכלי ניתוח מיוחדים שנכנסים דרך חורים קטנים בבטן. חיתוך רובוטי מתקיים גם היום, בו משתמשים ברובוטים ממוחשבים לביצוע הניתוח.