ההומאופתיה היא שיטת רפואה המתמקדת בטיפול במקור הבעיה, ולא רק בתסמינים. במקרה של מיגרנה, ההומאופתיה מתמקדת בשיפור המערכת העצבית ובהפחתת הרגישות למגרים שמזמינים מיגרנה. תרופות הומאופתיות כמו Belladonna, Bryonia, וNux Vomica משמשות לטיפול במיגרנה, והן מתאימות למגוון של תסמינים. על פי דיווחים של מטופלים, הם מרגישים שיפור באיכות החיים והפחתה במעין התקפים. על פי ההומאופתיה, הטיפול אינו משנה את המחלה אלא משנה את האדם, ולכן כל טיפול מותאם אישית לפי התסמינים והסימפטומים של המטופל.