ההומאופתיה היא שיטת רפואה המתמקדת בטיפול במקור הבעיה, ולא רק בתסמינים. במקרה של אי סבילות ללקטוז, ההומאופתיה מתמקדת בשיפור פעילות המעיים ובהפחתת הרגישות ללקטוז. תרופות הומאופתיות כמו Lycopodium, Colocynthis ו Carbo vegetabilis משמשות לטיפול באי סבילות ללקטוז, והן מתאימות למגוון של תסמינים. על פי דיווחים של מטופלים, הם מרגישים שיפור באיכות החיים והפחתה בתסמינים. על פי ההומאופתיה, הטיפול אינו משנה את המחלה אלא משנה את האדם, ולכן כל טיפול מותאם אישית לפי התסמינים והסימפטומים של המטופל.