כל ניתוח מסתמן איתו סיכונים וחשוב לדעת שניתוח להרזיה מיני מעקף אינו חריג. אחד הסיכונים המרכזיים הוא זיהום במקום הניתוח, שיכול להוביל לדלקת ולצורך בטיפולים נוספים. סיכון נוסף הוא דימום במהלך או לאחר הניתוח, שיכול להצריך ניתוח נוסף לעצירתו. בנוסף, ישנם סיכונים של תגובות לתרופות ההרדמה, תגובות אלרגיות, וסיכונים של תגובות לתרופות שאת משתמשת בהן לאחר הניתוח. חשוב לציין שהסיכונים האלה הם חלק מכל ניתוח, והם לא ייחודיים לניתוח להרזיה מיני מעקף. ברוב המקרים, התוצאות החיוביות של הניתוח משקלות את הסיכונים. עם זאת, חשוב לשקול את כל הסיכונים והיתרונות לפני שאת מחליטה לעבור את הניתוח.