כמו כל ניתוח, גם ניתוח מיני מעקף מכיל סיכונים, כולל סיכון לדימום, זיהום, תגובות לאנסטזיה, ובלוקאדות במערכת העיכול. בנוסף, ישנם סיכונים מיוחדים לניתוח המעקף, כולל סיכון לתסמין מעקף קיבה, שהוא מצב בו האוכל מעקף את הקיבה ומגיע ישירות לחילוף, וסיכון לתסמינים תזונתיים כתוצאה מקליטה מופחתת של תזונה. למרות הסיכונים, רוב האנשים שעוברים ניתוח מיני מעקף מדווחים על שיפור משמעותי באיכות החיים שלהם, כולל שיפור במצבי בריאות כמו סוכרת ולחץ דם גבוה. בנוסף, הרוב מצליחים להפחית משקלם באופן משמעותי.