כמו כל ניתוח, גם ניתוח מיני מעקף מספר סיכונים. הסיכונים כוללים זיהום, דימום, חומרים שמסתובבים ברחבי הגוף, וסיכונים של ניתוחים כלליים אחרים. כמו כן, ישנם סיכונים מסוימים הקשורים לניתוח מיני מעקף, כולל תסמינים גסטרואינטסטינליים, כמו חומציות, נימולים, ובעיות תזונה. למרות זאת, רוב האנשים שעוברים ניתוח מיני מעקף מרגישים שיפור משמעותי באיכות החיים שלהם. הם מרגישים שובע מהיר יותר, אוכלים פחות, ומאבדים משקל. זה יכול להוביל לשיפור בבריאות הכללית, כולל שיפור בתנאים כמו דיאבטיס סוכרת ולחץ דם גבוה. על פי מחקרים, רוב האנשים שעברו ניתוח מיני מעקף מצליחים לשמור על המשקל החדש שלהם לאורך זמן.