תסמינים נפוצים של מחלת מיטוכונדריה כוללים עייפות, חולשה, קשיי דיבור, קשיי בליעה, כאבים מוחלטים, ראש נושא, סחרחורת, חולשה בשרירים, כאבי שרירים, פגיעה בראיה, פגיעה בשמיעה, בעיות לב, קשיי נשימה, בעיות במערכת העיכול, בעיות במערכת העצבים, בעיות במערכת ההולכה, ועוד.