האבחנה של כיב פפטי מתבצעת בדרך כלל באמצעות גסטרוסקופיה - ניתוח שבו מכניסים צינור רחב לגרון של החולה ומשם לקיבה ולחלף התחתון, ובאמצעותו מצלמים את הכיבים.
בנוסף, ניתן לבדוק האם החולה נפגע מחיידק ה-Helicobacter pylori באמצעות ניסויי דם, ניסויי צואה או בדיקה של הנשימה.