הסימפטומים של תסמונת שיוגרן כוללים בעיקר יובש בפה ובעיניים. ניתן לחלוק את הסימפטומים לשניים: סימפטומים כלליים – כאבי שרירים ומפרקים, תחושת חולשה, עייפות, חום, ירידה במשקל וסימפטומים מקומיים – יובש בפה ובעיניים, דליפת רוק, כאבים בבטן, בחילה, שיעול וקושי בבליעה.
המחלה יכולה להשפיע גם על איברים ומערכות אחרות בגוף, כמו הכבד, הריאות, הקרניים, העור והמערכת העצבית.