ניהול מחלת הזריקה הקיבה-פרקית (GERD) במהלך ניתוח עקיפת הקיבה מתבצע באמצעות מספר של טכניקות ואסטרטגיות. טיפול זה יכול לכלול שימוש בתרופות, כולל משפרי מילוא חומצי החלב המעכבים את ייצור החומצה בקיבה, ותרופות מסייעות אחרות. בנוסף, יתכן ויידרשו שינויים בדיאטה ובסגנון החיים, כולל הימנעות ממזונות מסוימים והרמת הראש במהלך השינה. כמו כן, ניתן לבצע שינויים כירוגיים כדי להקל על התסמינים, כולל שיפור בגמישות הקיבה והפחתת הלחץ בקיבה. כל אלה נעשים על מנת להקל על הסימפטומים ולמנוע נזק נוסף למערכת העיכול.