לאחר ניתוח מעקף, ישנם שינויים הורמונליים משמעותיים שמתרחשים בגוף. שינויים אלה כוללים הפחתה ברמות האינסולין והגלוקגון, שני ההורמונים המפעילים את המטבוליזם של הגלוקוז בגוף. בנוסף, ישנה הגברה ברמות הפפטידים הגורמים לשובע (PYY ו- GLP-1), שמעצימים את התחושה של שובע ומפחיתים את התחושה של רעב. כמו כן, יכול להיות שינוי ברמות הקורטיזול, ההורמון הנפרית בתגובה למתח. כל אחת מהשינויים ההורמונליים הללו יכולה לשפר את יכולת החולה לרזות ולשמור על משקל גוף נמוך.