ניתוח מעקף יכול לשנות את דרך ספיגת התרופות בגוף. מאחר והתרופות נספגות במערכת העיכול, ניתוחים אלו עלולים לשנות את מידת הספיגה של התרופה ולהשפיע על אפקטיביותה. לכן, יש חשיבות רבה לבדיקה ומעקב רפואי מדוקדק אחרי הניתוח, כדי להבטיח שהתרופה ממשיכה לפעול באופן יעיל ולא מזיקה למטופל.