ניתוח מעקף מעיים בניתוח מעקף הקיבה הוא פרק חשוב מאוד של הניתוח. במהלך הניתוח, החלק העליון של הקיבה מתקטן, והחלק התחתון של המעי הדק מחובר לחלק שנקטן של הקיבה. זה מאפשר למזון לעקוף את רוב הקיבה ובכך לפחות את כמות הקלוריות והתזונה שהגוף מסוגל לספוג. זה נעשה במטרה לעזור למטופל לרדת במשקל.