ההומאופתיה מתמקדת בטיפול בגורמים המובילים למחלה ולא רק בסימפטומים החיצוניים. במקרה של שפעת, ההומאופתיה מתמקדת בחיזוק המערכת החיסונית של האדם ושיפור התנגדותו למחלה. הטיפול כולל גם איזון בין הרגשות, המחשבות והמערכת הגופנית של האדם. ההומאופתיה משתמשת במגוון רחב של תרופות הומאופתיות שמופיקות מצמחים, מינרלים וחומרים אחרים, שכל אחד מהם מתאים לסוג מסוים של שפעת. התרופות מנותות במינונים קטנים מאוד ומשפיעות על הגוף בצורה עדינה אך מרכזית.