בדיקת ההגדה התחתונה (endoscopy) היא הדרך המועדפת לאיתור ושט בארט. במהלך הבדיקה, הרופא מכניס צינור דק במיוחד שמחזיק במצלמה לתוך הגרון התחתון, הקיבה הגדולה וחלקו התחתון של העכורס הגדול. המצלמה מאפשרת לראות את התאים שהשתנו. בעת הצורך, הרופא יכול לקחת דגימות של התאים לבדיקה מאוחרת במעבדה.