בעיות נפוצות שמתקלים בהם עם תכונות האבטחה של וואצאפ כוללות התקפות גניבת מידע, הודעות ספאם, והונאות. כמו כן, אף על פי ש-וואצאפ מצטיירת בהצפנה מסוף לסוף, ישנם חששות בנוגע לגישה של חברות שלישיות או ממשלות לנתונים. לעיתים, גם ייתכן שמשתמשים ישכחו את קוד הגישה שלהם, מה שמונע מהם להשתמש בחשבון שלהם.